Thánh Hippolytus (m. 235) thường được coi là Giáo hoàng đối lập sớm nhất trong lịch sử giáo hội, người đã chống lại Giáo hoàng Callixtus I và đứng đầu một nhóm riêng biệt trong giáo hội Rôma (Church in Rome). Hyppolytus sau đó đã hòa giải với người kế nhiệm của Callixtus là Giáo hoàng Pontian, khi cả hai cùng bị bắt và đi đày ở một hầm mỏ ở Sardinia. Ông đã được suy tôn là thánh bởi nhà thờ. Mặc dù hai hay nhiều người đã cho rằng có sự lẫn lộn trong các tường thuật này về Hyppolytus, và liệu Hyppolytus có thực sự tự xưng là Giám mục Rôma, không có gì là chắc chắn cả, đặc biệt không có một tuyên bố nào như vậy được trích dẫn từ các tác phẩm được quy cho ông.

Một trích dẫn từ một bản văn sớm nhất của Eusebius thành Caesarea có một câu truyện về Natalius – người đã được chấp nhận là Giám mục của một nhóm người lạc giáo ở Rôma, nhưng những người này đã sớm hối hận, ăn năn và xin Giáo hoàng Zephyrius (Giáo hoàng từ 199 – 217) để trở lại trong sự hiệp thông. Nếu Natalius đã được tuyên bố như Giám mục của Rôma chứ không phải chỉ cho một nhóm nhỏ trong thành phố thì ông có thể được coi là một ngụy Giáo hoàng sớm hơn Hyppolytus và là ngụy Giáo hoàng đầu tiên trong lịch sử.

Novatian (m. 258), một gương mặt khác vào thế kỷ thứ ba, người chắc chắn đã được tuyên bố giành tòa Rôma trong sự phản đối với Giáo hoàng Cornelius, và nếu Natalius và Hyppolitus đã bị loại trừ vì những xung đột liên quan đến họ, Novatian có thể được nói đến là ngụy Giáo hoàng đầu tiên.

Giai đoạn có nhiều ngụy Giáo hoàng nhất là vào thời kỳ có các cuộc xung đột giữa Giáo hoàng với Đế quốc La mã thần thánh vào thế kỷ 11 và thế kỷ 12. Những hoàng đế thường xuyên áp đặt đề cử những người của riêng họ để phục vụ cho mục đích riêng của mình. Các Giáo hoàng cũng vậy, đôi khi họ bảo trợ cho những ứng cử viên đối cử(chống lại hoàng đế) trong nước Đức để qua mặt hoàng đế.

Trong cuộc ly giáo phương tây (The Great Western Schism) bắt đầu từ năm 1378, khi các hồng y người Pháp, tuyên bố rằng cuộc bầu cử của Giáo hoàng Urban VI là không hợp lệ, bầu Clement VII là Giáo hoàng - đã dẫn đến hai và cuối cùng là ba Giáo hoàng cùng đòi quyền Giáo hoàng: một vị ở Rôma, một vị ở Avignon (Clement VII đứng đầu tòa thánh ở Avignon, Pháp), và một vị ở Pisa. Vị cuối cùng được đề cập ở trên được đặt theo tên của thành Pisa, Italy, nơi một công đồng đã bầu lên Alexander V như một người người đối cử thứ ba.

Cuối cùng, để kết thúc sự phân lý, vào tháng 5 năm 1415, một công đồng đã được triệu tập ở Constanse để truất phế John XXIII – vị Giáo hoàng ở Pisa, tuyên bố về tính hợp pháp dựa trên sự lựa chọn của công đồng. Giáo hoàng Gregory XII ở Rôma đã từ chức vào tháng 7 năm 1415.

Vào năm 1417, công đồng cũng quyết định phế truất Biển Đức XIII ở Avignon, nhưng ông đã từ chối từ chức. Sau đó, Giáo hoàng Martin V đã được bầu lên và được chấp nhận ở mọi nơi ngoại trừ một nhóm nhỏ vẫn trung thành với Biển Đức XIII, nhưng nó cũng nhanh chóng tan rã. Những bê bối của cuộc đại ly giáo đã tạo nên một sự chống đối lại Giáo hoàng, và là mầm mống của phong trào kháng cách vào thế kỷ XVI.